Die Gründungen von Montessori-Schulen sind schwerpunktmäßig Initiativen von Eltern, die für ihre Kinder eine neue Schulform etablieren möchten. Die MOS München ist eine Initiative der Trägervereine von 15 Montessori-Schulen und der Ernst-Barlach-Schulen GmbH, um einen durchgehenden Weg vom Kinderhaus bis zum Abitur zu ermöglichen. Damit die Montessori-Gesellschaftervereine auch langfristig eine entscheidend zur Entwicklung der MOS München beitragen, wurde als Träger die Form einer GmbH gewählt, die hier besser geeignet ist als die eines Vereins.
Träger der MOS München ist die Montessori Zentrum München gemeinnützige GmbH. Oberstes Organ ist die Gesellschafterversammlung, die einmal im Jahr tagt. Sie entscheidet über die grundsätzlichen Fragen und gestaltet die allgemeine Entwicklungslinie der MOS München. Die Versammlung wählt auch den Aufsichtsrat, der sich aus Mitgliedern der Gesellschafter-Vereine rekrutiert. Er besteht aus 5 Mitgliedern, die sich an vier Terminen im Jahr mit der Schulleitung treffen, um die Schulentwicklung zu begleiten.